Linux平台下EST序列分析系统的构建应用实例

• 作者: 张义正 李校 江明锋
• 来源期刊: 四川大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 黄孢原毛平革菌 EST序列分析 生物信息学 基因预测 Linux操作系统
• 年，卷（期）: 2005,（1）
• 页码范围: 153-157
• 页数: 5页
• 分类号: Q811
• 字数: 3668字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0490-6756.2005.01.031

摘要

利用抑制削减杂交和基因芯片技术获得一批黄孢原毛平革菌特异表达的EST序列,使用Phrap、EMBOSS、Blast、GENSCAN、MZEF软件,基于Linux操作系统,构建EST序列分析系统,完成了从EST和基因组Blast数据库的构建,载体序列的去除,EST序列的分类和组装,EST序列在基因组上的定位,外显子和内含子的识别以及基因预测.并通过使用perl语言结合bioperl模块写的脚本程序使分析过程自动化,从而可以快速地对大批EST序列进行分析,为克隆相关基因及研究黄孢原毛平革菌功能基因组学提供有用的信息.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张义正	四川大学生命科学学院四川省分子生物学及生物技术重点实验室	150	2059	26.0	38.0
2	李校	四川大学生命科学学院四川省分子生物学及生物技术重点实验室	10	16	2.0	3.0
3	江明锋	四川大学生命科学学院四川省分子生物学及生物技术重点实验室	5	33	4.0	5.0