基于Linux平台的林木EST序列分析系统的构建及应用

• 作者: 周猛 施季森 童春发
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 林木 EST Perl 分析系统 生物信息学
• 年，卷（期）: 2007,（2）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 74-77
• 页数: 4页
• 分类号: Q811
• 字数: 3144字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2007.02.007

摘要

利用Phred/Phrap/Consed、cross.match、RepeatMasker、Blast等软件和自主开发程序,基于Linux操作系统,构建了林木EST序列分析系统,完成了从测序峰图向核酸序列的转化、栽体序列的去除、重复序列鉴定、EST序列分类和组装、EST序列功能注释与功能分类以及SSR、SNP的发掘.并通过使用Perl语言结合bioperl模块写的脚本程序使分析过程自动化,从而可以快速地对大批林木EST数据进行分析,为林木的功能基因组学研究提供有用的信息.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	施季森	南京林业大学国家林业局林木遗传和基因工程重点实验室	218	3785	32.0	50.0
2	童春发	南京林业大学国家林业局林木遗传和基因工程重点实验室	20	170	8.0	12.0
3	周猛	南京林业大学国家林业局林木遗传和基因工程重点实验室	5	34	3.0	5.0