一步法RT-PCR从临床样本中检测到鼻病毒基因

• 作者: 向稚丹 崔雯 方峰 李革 董永绥
• 来源期刊: 中华儿科杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 鼻病毒属 逆转录聚合酶链反应 基因,病毒 碱基序列
• 年，卷（期）: 2005,（9）
• 所属期刊栏目: 病毒病原学研究
• 页码范围: 643-647
• 页数: 5页
• 分类号: R72
• 字数: 3716字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/j.issn:0578-1310.2005.09.002

摘要

目的建立一步法RT-PCR检测临床样本鼻病毒基因,并对扩增产物进行测序分析.方法在鼻病毒基因组5′端非编码区选择一对鼻病毒特异性兼并引物建立一步法RT-PCR系统.对2004年春季收集的78份急性呼吸道感染患儿鼻咽拭子样本进行鼻病毒基因筛测,对扩增阳性的样本进行核苷酸测序并用生物信息学软件分析.结果 78份鼻咽拭子样本用一步法RT-PCR检测出鼻病毒基因阳性11份,阳性率为14.1%,其中包括临床诊断为上呼吸道感染7例、支气管炎3例、肺炎1例.11份鼻病毒阳性样本用测序引物扩增并测序,测得的核苷酸序列经blast比对,与GeneBank中鼻病毒序列同源性分别高达89.0%～95.5%;11份样本序列之间的核苷酸同源性为75.2%～91.8%,核苷酸水平变异率为8.8%～31.0%;11份样本序列在进化树中聚类为两簇;11份样本序列高度保守区基因突变多为固定位点的单个核苷酸变异.结论所建立的一步法RT-PCR系统检测鼻病毒基因有快速、简便、特异性高的优点,适用于临床检测.临床样本测序分析发现,鼻病毒基因组有高度变异的特点.