兔病毒性出血症病毒基因组3'端非编码区的分子克隆及生物信息学分析

• 作者: 云涛 倪征 刘光清 华炯刚 张淼涛 张玉颖 李双茂 杜青云 梁华丽 盛祖恬
• 来源期刊: 西北农林科技大学学报（自然科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 兔病毒性出血症病毒 3′端非编码区 poly(A) 二级结构 生物信息学
• 年，卷（期）: 2006,（3）
• 所属期刊栏目: 动物科学与动物医学
• 页码范围: 16-20,25
• 页数: 6页
• 分类号: S852.65+9.6|Q785
• 字数: 3761字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1671-9387.2006.03.004

摘要

采用3'RACE方法对兔病毒性出血症病毒(RHDV)JX/CHA/97株基因组3'端全序列进行了扩增、克隆和测序,并利用DNAstar和DNAman软件分析了RHDV JX/CHA/97株与各参比毒株3'NCR的序列同源性,用RNA structure软件对3'NCR的二级结构进行了预测和分析.结果表明,所扩增的目的基因片段长1 500 bp,包括部分VP60基因序列、ORF2基因、3'端非编码区(3' Non Coding Region,3' NCR)和poly(A)尾巴,其中3' NCR位于ORF2终止密码子TAG之后,长59 bp,poly(A)至少含有27个A;3'NCR序列具有较高的同源性(93.5%～100%);3' NCR二级结构可以形成2个潜在的茎-环结构(SL1和SL2),其中SL2具有一定的保守性,其形状和形成位置与poly(A)尾巴的长度关系不大,但是SL1的结构和形成位置与poly(A)尾巴的存在与否密切相关,提示poly(A)尾巴与3'NCR高级结构的稳定性以及基因组复制有一定关系.