2型、5型腺病毒DNA与12型腺病毒DNA、大肠杆菌DNA序列的对比研究

• 作者: 丁国富 周红 王良喜 罗平 鲁永玲
• 来源期刊: 解放军医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: DNA,细菌 DNA,腺病毒 CpG基序 抑制性CpG寡核苷酸 计算生物学
• 年，卷（期）: 2006,（11）
• 所属期刊栏目: 实验研究
• 页码范围: 1095-1098
• 页数: 4页
• 分类号: R3
• 字数: 2861字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0577-7402.2006.11.022

摘要

目的 通过对2型、5型人腺病毒DNA(Adv2、5 DNA)与Adv12 DNA及大肠杆菌DNA(EC DNA)序列进行对比研究,确定Adv2、5 DNA中能够拮抗细菌DNA的可能的活性片段--抑制性CpG寡核苷酸(CpG-N ODN).方法 从NCBI核酸数据库中获取Adv2、5、12 DNA和EC DNA序列,采用DNATools、BioEdit等软件对Adv2、5、12 DNA和EC DNA进行序列分析和比较,确定Adv2、5 DNA特征性的CpG基序,查找出Adv2、5DNA中以上述CpG基序为核心的12碱基寡核苷酸(12-ODN).结果 确定了19种Adv2、5 DNA特征性的CpG基序,Adv2、5 DNA中以这19种CpG基序为核心的12-ODN共504条.结论 504条12-ODN可能是Adv2、5 DNA的CpG-N ODN.