一种基于极值思想的多序列联配求精算法

• 作者: 彭宏 胡劲松 胡桂武 邓伟林 郑启伦
• 来源期刊: 计算机工程
• 学科: 工学
• 关键词: 多序列联配 组合极值 遗传算法
• 年，卷（期）: 2006,（2）
• 所属期刊栏目: 人工智能及识别技术
• 页码范围: 200-202
• 页数: 3页
• 分类号: TP18
• 字数: 3549字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-3428.2006.02.072

摘要

多序列联配(MSA)是一个NP问题,为了取得一个好的联配结果,常用渐进和迭代两种方法,但渐进方法不能调整早期的错误,迭代方法面临怎样跳出局部最优的问题.该文提出了一种新的求精方法,该方法基于极值遗传算法和挖掘策略.极值遗传算法基于极值组合元素,能够减少搜索空间,易于找到全局最优解.算法实现过程中,首先用挖掘算法挖掘出已知联配中的不良序列块,然后所有的不良序列块用极值遗传算法重新联配.当初始的序列是用渐进算法联配时,新的求精方法能调整早期的一些错误,充分结合渐进和迭代算法的优点.最后算法用来自于数据库BAliBASE中数据进行了验证.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	彭宏	华南理工大学计算机科学与工程学院	188	2058	24.0	34.0
2	郑启伦	华南理工大学计算机科学与工程学院	103	1003	17.0	26.0
3	胡桂武	华南理工大学计算机科学与工程学院	42	178	7.0	11.0
5	胡劲松	华南理工大学计算机科学与工程学院	30	161	7.0	10.0
6	邓伟林	广东轻工职业技术学院计算机系	4	38	2.0	4.0