圆斑星鲽线粒体基因组全序列结构及其进化

• 作者: 刘卫东 周遵春 木云雷 王效敏 葛陇利 赫崇波 高祥刚
• 来源期刊: 中国水产科学
• 学科: 生物学
• 关键词: 圆斑星鲽 线粒体基因组 控制区 系统进化
• 年，卷（期）: 2007,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 584-592
• 页数: 9页
• 分类号: Q959.486
• 字数: 4957字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1005-8737.2007.04.009

摘要

利用圆斑星鲽(Verasper variegatus Temminck et Schlegel)和相关鱼类的部分线粒体基因序列,设计出6对扩增引物,通过PCR扩增产物直接测序和引物行走(Primer walking)法测定圆斑星鲽线粒体基因组全序列,并对其进行结构与进化分析.圆斑星鲽线粒体基因组序列长17 273 bp,其基因序列及构成都与其他硬骨鱼基本相同,包括37个基因(2个rRNA基因、22个tRNA基因和13个蛋白质编码基因)和2个非编码区(控制区和WANCY区).在22个tRNA基因中,tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer(第2个)、tRNAGlu和tRNAPro的编码基因位于L链上,其余则位于H链上.在13个蛋白质编码基因中,除了COI基因的起始密码子为GTG外,其余均以ATG为起始密码子.蛋白质编码基因包括具有完整TAA终止密码子的ND1,COI,ATP8,ND4L,ND5,而其他蛋白编码基因则具有不完全终止密码子.在L链上,ND6是仅有的一个蛋白质编码基因.圆斑星蝶的控制区包含1个终止相关序列区(ETAS)、6个中央保守序列区(CSB-A、B、C、D、E、F)和3个保守序列区(CSB-1、2、3)以及长串联重复区(Tandernly repeat sequence).用NJ法和MP法对5个目22种鱼mtDNA的13个蛋白质编码基因的氨基酸序列进行系统分析,结果显示,圆斑星蝶与石鲽关系最近,鲽形目的鲆、鲽类与鲈形目的鲹科(Carangidae)、鲷科(Sparidae)鱼类亲缘关系较近,而同属于鲽形目的塞内加尔鳎(Solea senegalensis)没有和任何目聚在一起,成为一个独立的分支.圆斑星蝶的基因组全序列序列已提交到GenBank,登录号为DQ403797,控制区单元型序列的GenBank登录号为DQ834444～7.