拟南芥基因组中新的microRNA预测及分析

• 作者: 孔栋 应晓敏 李伍举 郭蔼光 金伟波
• 来源期刊: 生物物理学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 拟南芥 基因组 microRNA 预测
• 年，卷（期）: 2007,（5）
• 所属期刊栏目: 理论生物物理
• 页码范围: 389-396
• 页数: 8页
• 分类号: Q74
• 字数: 3871字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1000-6737.2007.05.011

摘要

MicroRNA(miRNA)是一类存在于动植物体内,长度为21～25nt的内源性小RNA,对生物体的转录后基因调控起着关键作用,但一些低丰度的miRNA和组织特异性miRNA往往很难发现.为了系统识别拟南芥基因组中新的非同源miRNA,首先基于已报道的拟南芥miRNA的特征,从全基因组范围中筛选出453条可能的miRNA前体:其次,为了进一步对上述miRNA前体进行筛选,利用人的miRNA前体数据构建了支持向量机模型GenomicSVM,该模型对人测试集的敏感性和特异性分别为86.3%和98.1%(30个人miRNA前体和1 000个阴性miRNA前体),对拟南芥测试集的正确率为93.6%(78个miRNA前体);最后,利用GenomicSVM预测上述453条miRNA前体序列,得到了37条候选的新的拟南芥miRNA前体,为进一步的miRNA实验发现研究提供了指导.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郭蔼光	西北农林科技大学生命科学学院	110	1264	19.0	27.0
2	金伟波	军事医学科学院基础医学研究所计算生物学中心	14	76	6.0	8.0
4	李伍举	军事医学科学院基础医学研究所计算生物学中心	19	164	5.0	12.0
5	应晓敏	军事医学科学院基础医学研究所计算生物学中心	14	100	3.0	9.0
6	孔栋	西北农林科技大学生命科学学院	4	25	3.0	4.0