基于奇异值分解的RNA二级结构相似度计算方法

• 作者: 俞荣栋 刘琦 叶修梓 张引
• 来源期刊: 浙江大学学报（工学版）
• 学科: 工学
• 关键词: RNA二级结构 相似度 奇异值分解 特征提取
• 年，卷（期）: 2007,（8）
• 所属期刊栏目: 自动化技术、计算机技术
• 页码范围: 1249-1254
• 页数: 6页
• 分类号: Q71|TP181
• 字数: 5076字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3785/j.issn.1008-973X.2007.08.004

摘要

针对传统的核糖核酸(RNA)分子结构相似度计算方法存在复杂度高、未能充分考虑二级结构全局信息的缺点,基于一种7维序列编码方法,提出了一种利用矩阵奇异值分解提取RNA二级结构数据分布特征的算法,利用提取出的奇异值向量,基于向量距离进行RNA二级结构相似度比对.通过对Yeast tRNA-phe、PSTV、poliovirus mutant 3种RNA分子二级结构构象的实验分析,表明了该方法的可行性和高效性.并将这种方法推广至任意两个RNA分子之间二级结构的相似度衡量,同样取得了不错的效果.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘琦	浙江大学沃森基因组科学研究院	24	112	6.0	10.0
5	张引	浙江大学计算机科学与技术学院	44	1518	17.0	38.0
6	俞荣栋	浙江大学沃森基因组科学研究院	3	24	3.0	3.0
10	叶修梓	浙江大学计算机科学与技术学院	40	894	13.0	29.0