Tobramycin与16S rRNA A位点复合物的分子动力学模拟

• 作者: 冯宇 刘次全 张旭东 曹槐 程伟贤
• 来源期刊: 高等学校化学学报
• 学科: 化学
• 关键词: 分子动力学 托普霉素 16S rRNA A 位点 水合密度
• 年，卷（期）: 2007,（11）
• 页码范围: 2156-2161
• 页数: 6页
• 分类号: O641
• 字数: 4469字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0251-0790.2007.11.026

摘要

采用分子动力学方法(Molecular dynamics,MD)对托普霉素(Tobramycin)与16S rRNA的A位点复合物的特异性识别机制进行了理论模拟研究,模拟时间为3.6 ns. 结果表明,A位点中波动最大的部位是两个环外碱基A1492和A1493;tobramycin的环Ⅰ和环Ⅱ是其最保守的结构单元,可能参与了Tobramycin与16S rRNA的A位点之间的特异性识别. 另外,发现一个残存时间为3.6 ns的"结构化"水分子,它桥接了Tobramycin环Ⅱ的N3与环Ⅰ的N6′之间的氢键,稳定了Tobramycin的结构;Tobramycin周围水合密度较高的位点出现在环Ⅰ和环Ⅱ附近,这也正是晶体结构中形成较多水媒介氢键及动力学模拟中结构化水分子出现的位置. 动力学模拟证实Tobramycin与16S rRNA间的结合是大量氢键及水分子相互作用的结果,这有助于设计和开发以Tobramycin为基础,具有高亲和力及特异性的16S rRNA抑制剂.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	程伟贤	云南大学现代生物学研究中心	20	267	9.0	16.0
2	刘次全	云南大学现代生物学研究中心	36	289	8.0	16.0
6	曹槐	云南大学现代生物学研究中心	37	288	8.0	15.0
7	冯宇	云南大学现代生物学研究中心	15	79	4.0	8.0
8	张旭东	云南大学现代生物学研究中心	3	13	2.0	3.0