6种帘蛤科贝类18S rRNA基因全序列比较分析

• 作者: 孟学平 彭永兴 王芳 程汉良 董志国 阎斌伦
• 来源期刊: 中国水产科学
• 学科: 农学
• 关键词: 帘蛤科 18S rRNA基因 分子系统发育
• 年，卷（期）: 2008,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 559-567
• 页数: 9页
• 分类号: S917.4
• 字数: 4927字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1005-8737.2008.04.005

摘要

对文蛤(Meretrix meretrix)、青蛤(Cyclina sinensis)、江户布目蛤(Protothaca jedoensis)、薄片镜蛤(Dosinia corrugata)、紫石房蛤(Saxidomus purpuraus)和菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)6种帘蛤科(Veneridae)贝类的18S rRNA基因序列进行了PCR扩增并测序,以期获得这一序列的基本特征,评估其种间变异程度,探讨这一序列在种类鉴定和分子系统发育等研究中的应用价值.测序结果表明,文蛤、青蛤、江户布目蛤、薄片镜蛤、紫石房蛤和菲律宾蛤仔18S rRNA基因序列全长分别为1 900bp、1 838bp、1 831 bp、1 831 bp、1 829bp和1 833bp.序列中A、T、C和G碱基的平均含量分别为24.0%、24.0%、24.2%和27.8%.用MEGA软件对6种帘蛤18S rRNA基因全序列进行了分析,对位排列后的总长度1 906bp,其中变异位点210个,简约信息位点28个,si/sv=1.4(46/32).从GenBank下载了7种帘蛤科贝类18S rDNA全序列,与本研究实测的6种帘蛤一起用MegAlign软件对其18S rDNA序列进行了比对,物种间序列相似百分比为88.7%～99.7%.文蛤与其他12物种间序列差异较大,序列差异百分比均超过了10%,其他各物种间序列差异百分比不超过3%.以异韧带亚纲(Anomalodesmata)笋螂目(Pholadomyoida)的Lyonsia floridana和Cardiomya costellata为外群,采用相邻连接法(NJ)和最大简约法(MP)构建了帘蛤科贝类的系统发育树,其拓扑结构显示雪蛤亚科(Chioninae)、帘蛤亚科(Venerinae)和镜蛤亚科(Dosiniinae)的种类首先聚在一起,形成一个聚类簇;缀锦蛤亚科(Tapetinae)、卵蛤亚科(Pitarinae)、仙女蛤亚科(Callistinae)、青蛤亚科(Cyelininae)和文蛤亚科(Meretricinae)的种类先后分别单独聚成一枝;最后所有帘蛤科物种聚为一枝,与外群相区别,说明18S rDNA序列适合作为帘蛤科系统发育研究的分子标记.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孟学平	淮海工学院江苏省海洋生物技术重点实验室	46	339	11.0	15.0
2	程汉良	淮海工学院江苏省海洋生物技术重点实验室	62	727	14.0	24.0
3	彭永兴	淮海工学院江苏省海洋生物技术重点实验室	21	183	7.0	13.0
4	董志国	淮海工学院江苏省海洋生物技术重点实验室	38	484	14.0	21.0
5	阎斌伦	淮海工学院江苏省海洋生物技术重点实验室	264	2463	24.0	36.0
6	王芳	淮海工学院江苏省海洋生物技术重点实验室	5	47	3.0	5.0