应用CpG岛芯片技术分析人肝癌细胞株CpG岛甲基化差异基因

• 作者: 刘彬彬 刘银坤 孙瑞霞 孙璐 康晓楠 赵燕 郑丹 郭坤 陈洁
• 来源期刊: 中华肿瘤杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 肝细胞癌 CpG岛 甲基化 微阵列 甲基化特异性PCR
• 年，卷（期）: 2008,（12）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 891-896
• 页数: 6页
• 分类号: R73
• 字数: 4323字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0253-3766.2008.12.003

摘要

目的 在全基因组水平研究与肝细胞癌发生及转移相关的cpc岛甲基化谱型改变.方法 采用加拿大University Health Network芯片中心的12K人CpG岛芯片,对多系列人肝癌细胞株HepB、HepG2、PLC/RPF/5/RPF/5、SMMC-7721、BEL-7402、MHCC97-H、MHCC97-L、HCCLM3和HCCLM6进行全基因组CpG岛甲基化差异扫描,以Chang's liver细胞株为对照.其中MHCC97系列细胞株(MHCC97-H、HCCLM3、HCCLM6)均以低转移潜能细胞株MHCC97-L作为对照,筛选转移潜能相关差异基因.对数据进行归一化处理及聚类分析,筛选出具有甲基化差异的基因,并随机选取2个基因进行甲基化特异性PCR(MSP)验证.结果 以Cy5/cy3≥2或者≤0.5为差异显著性标准,筛选出9个肝癌细胞株中差异表达趋势一致的CpG岛差异甲摹化位点58个,其上下游肿瘤相关基因66个,包括抑癌基因及其配体基因、凋亡基因及抗凋亡基因、细胞增殖分化基因、细胞周期相关基因、细胞信号通路关键基因等.MHCC97系列高转移潜能细胞株MHCC97-H、HCCLM3和HCCLM6筛选出转移潜能相关CpG岛甲基化差异位点分别为16、13和6个,肿瘤相关基因分别为24、16和6个.MSP验证与芯片结果相符.结论 在肝癌的发生、发展过程中,存在一系列关键基因CpG岛甲基化改变.在肝癌细胞株中,抑癌基因及相关信号通路关键基因可能由于其启动子区CpG岛高甲基化而表达下调,而促癌基因及相关信号通路关键基因可能由于其启动子区CpG岛低甲基化而上调表达.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘银坤	复旦大学附属中山医院肝癌研究所	121	643	13.0	18.0
2	陈洁	复旦大学附属中山医院肝癌研究所	138	1052	15.0	27.0
3	康晓楠	复旦大学生物医学研究院癌症研究中心	16	83	7.0	8.0
4	郑丹	复旦大学附属中山医院肝癌研究所	7	31	3.0	5.0
5	刘彬彬	复旦大学附属中山医院肝癌研究所	7	51	4.0	7.0
6	孙璐	复旦大学生物医学研究院癌症研究中心	9	30	3.0	5.0
7	郭坤	复旦大学附属中山医院肝癌研究所	17	62	5.0	6.0
8	孙瑞霞	复旦大学附属中山医院肝癌研究所	15	61	5.0	7.0