一种基于Quartet Puzzling和邻接法的进化树构建算法

• 作者: 刘扬 李建伏 郭茂祖
• 来源期刊: 计算机研究与发展
• 学科: 工学
• 关键词: 进化树 最大似然法 分治算法 Quartet Puzzling 邻接法
• 年，卷（期）: 2008,（11）
• 所属期刊栏目: 信息处理
• 页码范围: 1965-1973
• 页数: 9页
• 分类号: TP391|Q811.4
• 字数: 7357字
• 语种: 中文

摘要

最大似然法是目前较准确的一种进化树构建方法,但是其时间复杂度非常高.在实际应用中,用分治策略实现最大似然法的Quartet Puzzling(QP)得到了人们的关注.它首先估计Quartet拓扑结构集合Q,然后利用重组技术将Q中的信息合并到一起构成一个包含所有序列的进化树.研究表明,QP的准确性不像人们所期望的那样高.如何快速有效地将Q所包含的信息融合在一起仍然是QP所面-临的一个问题.为了提高QP,结合邻接法提出一种新的进化树构建方法QPNJ.理论上,QPNJ与QP具有相同的时间复杂度.通过模拟实验将QPNJ与QP以及目前流行的进化树构建方法进行了比较.结果表明,QPNJ比QP和邻接法更准确,并且其性能不依赖于模型树的结构,从而证明了QPNJ的有效性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘扬	哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院	45	333	10.0	17.0
2	郭茂祖	哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院	77	1227	20.0	33.0
3	李建伏	哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院	2	75	2.0	2.0