基于全基因组结构域信息的进化树构建

• 作者: 李晓琴 陈治伟
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 全基因组 进化树 蛋白质结构
• 年，卷（期）: 2012,（1）
• 页码范围: 31-36
• 分类号: Q51
• 字数: 3568字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2012.01.08

摘要

重建生物进化树一直以来都是进化生物学家的梦想.大量物种全基因组的测序使得我们可以从全基因组水平上构建进化树,来研究各个物种之间的进化关系.本文采用2种统计方法和3种距离计算方法,在全基因组水平上建立基于蛋白质结构的进化树.选取93个物种的全基因组作为分析对象,涵盖了3个超界:真核生物,细菌和古细菌.而结果也正确地将这些物种分为三个大类,每个大分支内部的物种聚类情况也基本和这些物种的形态学分类相吻合.并将这些方法的聚类结果与物种分类的结果相比较,得出丰度的统计方法和基于两向量夹角的距离计算方法这种组合在构建进化树上比其他组合更好.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李晓琴	北京工业大学生命科学与生物工程学院	28	71	5.0	6.0
2	陈治伟	北京工业大学生命科学与生物工程学院	2	6	1.0	2.0