一种新的相似性度量及其在DNA序列相似性分析中的应用

• 作者: 刘兵 李大超 柳菁筠
• 来源期刊: 海南师范大学学报（自然科学版）
• 学科: 数学
• 关键词: 距离度量 相似性分析 LZ复杂度 相似性矩阵
• 年，卷（期）: 2009,（1）
• 所属期刊栏目: 基础理论与应用研究
• 页码范围: 21-26,41
• 页数: 7页
• 分类号: O223
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-4942.2009.01.006

摘要

衡量序列之问距离的传统方法是通过局部比对或者全局比对来实现的,其运算的时间复杂度和空间复杂度随着序列长度的增加而急剧上升.本文提出一种新的相似性度量.它是建立在Lempel-Ziv复杂度基础之上的,不需要通过序列之间的比对来实现,其时间和空间复杂度比传统方法降低了很多.用这种新的相似性度量的方法可以算出序列同的相似性矩阵,以此来刻画不同序列之间的距离.为了说明此方法的可靠性,最后对多个物种DNA序列作了相似性分析.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李大超	海南师范大学数学与统计学院	36	37	3.0	4.0
2	柳菁筠	海南师范大学数学与统计学院	4	6	2.0	2.0
3	刘兵	海南师范大学数学与统计学院	3	3	1.0	1.0