鸭肝炎病毒基因的生物信息学分析及多聚蛋白的加工预测

• 作者: 周作勇 曾兴艳 聂奎 胡燕宾
• 来源期刊: 中国预防兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 鸭肝炎病毒 序列分析 多聚蛋白
• 年，卷（期）: 2009,（6）
• 所属期刊栏目: 研究简报
• 页码范围: 481-484
• 页数: 4页
• 分类号: Q7|S85
• 字数: 2693字
• 语种: 中文

摘要

对NCBI GenBank中登录的鸭肝炎病毒1型(DHV-1)全基因组及VP1基因进行生物信息学分析,27株DHV-1全基因组序列其核苷酸同源性分别为93.3%～99.8%、多聚蛋白氨基酸序列同源性则达97%～99.8%,DHV-1和其他小RNA科病毒的多聚蛋白的氨基酸序列同源性均低于30%,多聚蛋白氨基酸序列进化分析显示DHV-1在小RNA科病毒上形成一个独立的进化分支.因此,应在小RNA病毒科中设立一个DHV-1的新病毒属.分析发现,在DHV-1 VP1区存在多个免疫优势辅助性T淋巴细胞抗原位点及其抗原决定簇.在DHV-1多聚蛋白的第1 757 aa～1 761 aa位,出现3 C蛋白酶(3 Cpro)的共有基序Gly-Ser-Cys-Gly-Gly,同时发现在751 aa/752 aa处存在自我切割基序NPG ↓ P.推测在整个DHV-1多聚蛋白的切割过程中首先进行NPG ↓ P切割,形成P1,P2-P3前体蛋白,进而再由3 Cpro对2个前体蛋白进行二级加工,最终DHV-1多聚蛋白总共被切割成12个成熟产物,形成其结构蛋白与非结构蛋白.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	聂奎	西南大学动物科技学院	87	471	12.0	15.0
2	曾兴艳	西南大学动物科技学院	8	41	4.0	6.0
3	胡燕宾	西南大学动物科技学院	2	30	2.0	2.0