西瓜抗枯萎病相关EST-SSR的信息分析

• 作者: 冯建明 吕桂云 宫国义 张海英 许勇 郭绍贵 陈年来
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 农学
• 关键词: 西瓜 枯萎病 EST SSR
• 年，卷（期）: 2009,（3）
• 页码范围: 87-91
• 页数: 5页
• 分类号: S651|Q78
• 字数: 3049字
• 语种: 中文

摘要

对西瓜枯萎病菌生理小种1诱导的抑制差减杂交cDNA文库测序获得的4000条EST进行分析,经过前处理后拼接得到1487条unigene序列,全长为759 kb.在其中978条unisene序列中共检索出2136个EST-SSR,出现频率为53.4%.EST-SSR的平均分布距离和平均长度分别是1/0.36 kb、19.59 bp.EST-SSRs中的重复单元以二核苷酸和三核苷酸重复为主,二者在总EST-SSRs中的出现频率为98.08%.GA/TC和GAA/TTC是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复的25.78%和12.97%.西瓜抗枯萎病相关EST资源的SSR信息分析为进一步建立西瓜EST-SSR标记和探索其在西瓜基因组学研究中的应用奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	吕桂云		39	663	14.0	25.0
2	陈年来	甘肃农业大学农学院	187	2107	24.0	35.0
3	许勇	北京市农林科学院蔬菜研究中心	55	898	15.0	29.0
4	宫国义	北京市农林科学院蔬菜研究中心	22	392	11.0	19.0
5	张海英	北京市农林科学院蔬菜研究中心	25	646	13.0	25.0
6	冯建明	甘肃农业大学农学院	4	45	3.0	4.0
8	郭绍贵	北京市农林科学院蔬菜研究中心	9	83	6.0	9.0