使用GPU加速BLAST算法初探

• 作者: 万宁 于军 张清 褚晓文 谢海波 赵开勇
• 来源期刊: 计算机工程与科学
• 学科: 工学
• 关键词: BLAST BLASTN 序列查询比对 GPU GPGPU CUDA 并行计算
• 年，卷（期）: 2009,（11）
• 所属期刊栏目: 并行算法与并行程序设计
• 页码范围: 98-101
• 页数: 4页
• 分类号: TP301
• 字数: 3718字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1007-130X.2009.11.026

摘要

应用GPU通用高性能编程技术实现了一种加速BLAST算法的新方法.BLAST是目前最常用的用于生物序列查询比对的算法和软件包,其处理速度受到串行化执行和磁盘I/O等因素的影响.本文通过实验分析了BLAST软件包中的典型程序BLASTN的运行热点,并选定关键热点模块,应用CUDA编程技术对其进行并行化改造.对比实验结果表明,对于平均序列长度较大的序列库,应用GPGPU并行化可明显缩短该模块的运行时间,获得超过35倍的加速比.这说明,我们可以利用GPGPU对BLAST进行并行化加速,以满足高性能生物序列查询的需求.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	于军	中国科学院基因组科学及信息重点实验室	40	229	8.0	14.0
2	万宁	中国科学院基因组科学及信息重点实验室	2	13	2.0	2.0
6	谢海波		1	10	1.0	1.0
7	张清		3	24	3.0	3.0
8	赵开勇		2	10	1.0	2.0
12	褚晓文	香港浸会大学计算机系	1	10	1.0	1.0