DNA片段拼接中的预归并重复序列屏蔽方法

• 作者: 杨进才 蔡葵
• 来源期刊: 计算机工程
• 学科: 地球科学
• 关键词: 片段拼接 预归并 重复序列 屏蔽
• 年，卷（期）: 2009,（4）
• 所属期刊栏目: 软件技术与数据库
• 页码范围: 88-90
• 页数: 3页
• 分类号: N945
• 字数: 3590字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-3428.2009.04.031

摘要

针对DNA片段拼接中的重复序列识别及屏蔽问题,提出一种预归并重复序列屏蔽方法.在片段拼接前通过扫描子串标识出可能存在重叠关系的shotgun片段,利用子串归并该相关片段,标识出重复序列的位置信息,达到屏蔽的目的.计算机模拟分析表明,该方法识别重复序列的错误率低,通过预归并有效缩减了shotgun集合的规模,降低了拼接时的计算复杂度.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨进才	华中师范大学计算机科学系	46	183	7.0	11.0
2	蔡葵	华中师范大学计算机科学系	1	2	1.0	1.0