猪圆环病毒2型(PCV2)ORF1基因的系统发育分析和选择压力分析

• 作者: 张停婷 潘德敏
• 来源期刊: 广东畜牧兽医科技
• 学科: 农学
• 关键词: 猪圆环病毒2型 ORF1基因 系统发育分析 选择压力分析
• 年，卷（期）: 2010,（5）
• 页码范围: 35-41
• 分类号: S852.65+9.2
• 字数: 5793字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1005-8567.2010.05.010

摘要

本研究利用脚本语言编写一系列程序流程,成功对猪圆环病毒2型(PCV2)OR目的Genbank数据进行快速整理和信息挖掘.同时,引入MUSCLE、MrBayes和PAML等生物信息学工具对经过整理的PCV2 OR目的Genbank数据进行深度的分析,快速进行序列比对并获得了高解析度的BMCMC系统发育树,再以该BMCMC系统发育树为基础数据进行基因选择压力的分析.结果表明,中国的猪圆环病毒2型(PCV2)ORF1可分为三群,其中两群可能存在明显的祖先,另一群则可能经过多次从不同地方传入中国.另外,应用位点模型和分支位点模型(以不同的选择压力模型将不同群各设为背景)对PCV2 ORF1进行分析,没有发现各个分支上有明显处于正选择压力下的位点,PCV2的ORF1基因在进化上相当保守,所有位点的dN/dS值均小于等于1(P>95%),提示该基因没有处于明显的选择压力之下,所有位点的突变均为中性选择位点或净化选择位点.该结果首次从选择压力分析的角度说明ORF1基因为功能保守的基因,为以后筛选PCV2毒株制备抗ORF1蛋白的单克隆抗体提供了理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张停婷	华南农业大学兽医学院	4	5	2.0	2.0
2	潘德敏		7	21	3.0	4.0