一种新的加权功能相似性算法在蛋白质相互作用研究中的应用

• 作者: 李令锦 杜林方 王东 须涛
• 来源期刊: 应用与环境生物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 语义相似性 功能相似性 蛋白质相互作用 GO术语 wfcSim方法
• 年，卷（期）: 2010,（3）
• 页码范围: 420-423
• 页数: 4页
• 分类号: Q811.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1145.2010.00420

摘要

基于GO术语衡量基因产物之间的相似性主要是通过语义相似性进行,此类方法主要是先计算GO术语之间的相似性,然后再通过与GO术语相关的基因产物的相似性两步来实现的.第一步GO术语之间的相似性已经有了大量的研究,但是关于第二步的功能相似性研究却很少,针对平均化计算功能相似性的一些缺陷,提出了一种新的加权的功能相似性计算方法--wfcSim方法.应用DIP数据库中人类和线虫的蛋白质相互作用数据,通过ROC曲线对基于平均化、基于最大化、Wang和wfcSim等4种功能相似性研究方法进行了评估,结果表明,与前人通常使用的基于平均的方法相比,wfcSim方法在功能相似性分析方面具有较高的优越性.图3参15

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杜林方		84	927	16.0	28.0
2	王东		70	465	11.0	19.0
3	李令锦		3	12	1.0	3.0
4	须涛		2	0	0.0	0.0