黄瓜抗霜霉病相关EST-SSR的信息分析

• 作者: 孙彩玉 毕永贤 王丽娟 秦智伟
• 来源期刊: 东北农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 黄瓜 霜霉病 EST-SSR 重复基元
• 年，卷（期）: 2011,（10）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 52-57
• 分类号: S642.2
• 字数: 3594字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1005-9369.2011.10.011

摘要

对霜霉病菌诱导的黄瓜cDNA文库测序获得的3091条ESTs进行分析,经过除前处理和拼接后得到2 507条Unigenes.应用生物信息学方法,对黄瓜抗霜霉病相关EST-SSRs的分布频率和碱基重复特点进行了归纳及分析.结果表明,2 507条Unigenes中共检索到231个EST-SSR,出现频率为7.47％,平均分布距离为4.58 kb.EST-SSRs包括51种重复单元,以二核苷酸和三核苷酸重复基元为主,二者分别占总SSRs的59.74％和34.63％,在EST中的总出现频率分别为4.46％和2.59％,二核苷酸的重复基元以TC/AG为主,三核苷酸重复基元以TCT所占比例最高.研究结果为黄瓜EST资源开发和黄瓜抗霜霉病基因遗传标记奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	秦智伟	东北农业大学园艺学院	170	2065	23.0	34.0
2	王丽娟	东北农业大学生命科学学院	74	511	13.0	18.0
3	孙彩玉	东北农业大学生命科学学院	9	42	4.0	6.0
4	毕永贤		2	3	1.0	1.0