基于紫外光谱-支持向量机对STR的基因分型

• 作者: 吴再珍 徐容 葛芝莉 谢洪平 郭莉萍 鲁辉
• 来源期刊: 分析测试学报
• 学科: 物理学
• 关键词: 短串联重复序列 紫外光谱 支持向量机 基因分型
• 年，卷（期）: 2011,（3）
• 页码范围: 336-339
• 分类号: O433.4|Q524
• 字数: 2815字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1004-4957.2011.03.021

摘要

利用紫外光谱结合支持向量机(SVM)模式识别原理建立了短串联重复序列(STR)的分型方法.以D5S818基因座的10-10、11-13和13-13三个基因型为研究对象,优化了包含该多态性位点的DNA片段的聚合酶链反应(PCR)的扩增条件和紫外光谱检测条件,获得了优化条件下的待测样本紫外光谱.以该光谱为识别变量,建立了该3类基因型的SVM判别模型,有效地克服了光谱共线性,模型预测率100%.该方法无需任何检测前处理,只需一步PCR扩增和紫外光谱检测即可实现STR的基凶分型,具有简单、快速、低成本等优点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郭莉萍	重庆科技学院化学化工学院	16	67	4.0	7.0
2	谢洪平	苏州大学医学部药学院	56	223	7.0	12.0
3	鲁辉	苏州大学医学部药学院	6	11	2.0	2.0
4	葛芝莉	苏州大学医学部药学院	4	16	3.0	4.0
5	吴再珍	苏州大学医学部药学院	4	4	1.0	1.0
6	徐容	苏州大学医学部药学院	3	4	1.0	2.0