草鱼呼肠孤病毒HZ08株S4基因序列分析

• 作者: 刘宝芹 刘永奎 吴淑勤 张乐生 张超 曾伟伟 王庆 石存斌
• 来源期刊: 生物学杂志
• 学科: 农学
• 关键词: 草鱼呼肠孤病毒 S4基因 序列分析 遗传进化树
• 年，卷（期）: 2012,（2）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 12-17
• 分类号: Q78|S965.112
• 字数: 7356字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1736.2012.02.012

摘要

草鱼呼肠孤病毒HZ08株是本实验室从患出血病草鱼体内分离到的一个新毒株,已完成部分基因序列的分析,其氨基酸序列的同源性和873株相比,仅为20%~30%之间.因序列差异较大,无法通过设计特异性引物来扩增和分析其基因序列,采用单引物扩增技术,对HZ08株S4基因进行序列分析表明:S4全长为2263 bp,最大的ORF编码717个氨基酸,推导出其表达的蛋白约为79 kDa.正如其他基因节段,基因末端也含有保守碱基序列5′(GUAAUUU…UUCAUC),3′.S4基因推导的氨基酸序列与同宿主的其他呼肠孤病毒的非结构蛋白NS1同源性最大,其次是和哺乳动物正呼肠孤病毒的非结构蛋白mu-NS以及禽呼肠孤病毒非结构蛋白NS1同源性较大,表明S4可能表达细胞骨架相关蛋白.基于S4推导出的氨基酸序列构建的系统进化树HZ08株单独作为一个分支,与同宿主的其他呼肠孤病毒亲缘关系比较近,而与其他呼肠孤病毒则相对较远.这提示HZ08株可能是多个毒株的遗传信息经长期的遗传进化而得,综合其它已知序列信息,推测HZ08株可能为呼肠孤病毒的一个新成员.