草菇菌丝体与原基差异表达基因分析

• 作者: 刘朋虎 江玉姬 王海英 章小寅 谢宝贵 邓优锦
• 来源期刊: 基因组学与应用生物学
• 学科: 生物学
• 关键词: 草菇 子实体形成 数字基因表达谱 差异表达基因
• 年，卷（期）: 2012,（2）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 147-153
• 页数: 7页
• 分类号: Q78
• 字数: 4983字
• 语种: 中文

摘要

采用Solexa测序技术,对草菇菌丝体和原基进行了数字基因表达谱（DGE）测序,在菌丝体和原基文库中分别得到5701781个和5659262个高质量测序标签（cleantags）,对应的标签种数（distinct clean tags）分别为85626和95363。将所有高质量测序标签与参考基因库进行比对,在菌丝体和原基文库中,占标签种数的43.32%和52.57%的标签可以唯一定位（map）到参考序列上,占标签种数的21.65%和21.47%的标签可以被定位到基因组序列上。最终,被菌丝体和原基标签唯一定位的基因数（unambiguous tag-mapped genes）分别为14794和15534。差异基因分析显示,两个文库中共有显著性差异表达的基因4163个,其中在原基中上调、下调的基因数分别为2486和1677,只在原基中表达的基因321个。经过Blastnr比对,在原基中特异表达的基因,涉及蛋白质（氨基酸）合成与代谢、糖代谢、脂类代谢和抗逆反应等多个代谢途径。GO功能富集分析结果表明,葡萄糖、己糖和乙醇等代谢途径大部分基因下调表达。Pathway功能富集分析结果表明,合成核糖体蛋白的基因均下调表达,表明原基形成时细胞代谢减弱,蛋白质合成量减小。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	谢宝贵	福建农林大学菌物研究中心	186	1536	20.0	28.0
2	江玉姬	福建农林大学菌物研究中心	68	515	13.0	20.0
3	刘朋虎	福建农林大学菌物研究中心	56	275	9.0	14.0
4	邓优锦	福建农林大学菌物研究中心	44	315	12.0	16.0
5	王海英	福建农林大学菌物研究中心	2	10	2.0	2.0
6	章小寅	福建农林大学菌物研究中心	2	10	2.0	2.0