一种五联重复序列在分枝杆菌简单序列重复区间分型中的应用研究

• 作者: 秦莲花 胡忠义 赵英伟 高诗会
• 来源期刊: 中华结核和呼吸杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 分枝杆菌属 简单序列重复区间分型 变异(遗传学)
• 年，卷（期）: 2012,（8）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 592-595
• 分类号: R543.506
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.1001-0939.2012.08.009

摘要

目的 分析微卫星5联简单重复序列在分枝杆菌基因组中的分布情况,并评价其简单序列重复区间(ISSR)分型能力,为分枝杆菌的基因分型及流行病学研究提供新的研究工具.方法 实验菌株为17株分枝杆菌菌株和41株MTB临床分离株,17株分枝杆菌菌株包括分枝杆菌标准株15株、MTB临床菌株1株和MTB无毒株(H37Ra)1株.利用MICdb2.0软件分析微卫星数据库收录的分枝杆菌基因组中5联简单重复序列(CAGCG)n的分布特征,并以该序列为基础设计ISSR引物(5'-CAGCGCAGCGCAGCG-3'),用于分枝杆菌种间和种内菌株的基因分型分析.结果 生物信息学分析显示(CAGCG)n在数据库收录的大部分分枝杆菌基因组中均有较高含量,其中在H37Rv、CDC1551、牛分枝杆菌和鸟分枝杆菌基因组中出现的次数分别为40、39、39和33次,且主要分布在编码序列区(分别为39、36、38和30次).ISSR引物对分枝杆菌菌种的基因分型分析显示,15种常见菌种聚为2大簇,第1簇含有2个亚型,第2簇含有4个亚型,种间表现出高度的遗传多样性；ISSR引物对MTB临床菌株的分析结果显示,41株菌株聚为2簇,各簇分别有2个亚型,提示该引物对种内菌株也表现出良好的分辨力.结论 以(CAGCG)n建立的ISSR分型体系,可用于分枝杆菌种间和种内菌株的遗传多样性分析.