汉坦病毒Hunan03株S基因分子特征及核蛋白结构分析

• 作者: 刘佳惠 刘富强 刘建高 刘运芝 张红 曾舸 湛志飞 胡世雄 蔡亮 覃迪 高立冬
• 来源期刊: 中华微生物学和免疫学杂志
• 关键词: 汉坦病毒 S基因 分子特征 二级结构 预测
• 年，卷（期）: 2012,（8）
• 所属期刊栏目: 病毒学
• 页码范围: 725-729
• 页数: 5页
• 字数: 3951字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.0254-5101.2012.08.012

摘要

目的 测定汉坦病毒S基因编码区序列,分析和预测其编码的核蛋白结构,用于指导汉坦病毒诊断性抗原的筛选.方法 对免疫荧光技术(IFA)阳性的鼠肺组织应用RT-PCR法扩增汉坦病毒S基因完整开放读码框(ORF),扩增产物克隆到pGM-T载体,转化E.coli TOP10,通过蓝白斑试验和PCR筛选阳性克隆后进行基因序列测定；利用NCBI和Swiss-Prot/TrEMBL数据库中相关基因与蛋白结构分析软件包,如BLSAT、ProtParam、PredictProtein等对S基因的组成、结构、生物学特征及蛋白二级结构进行预测和分析.结果 PCR扩增产物大小约1290 bp；构建了pGM-T/S载体并测序成功；S基因序列中ORF全长1290个核苷酸残基,GC含量为44.11％,AT含量为55.89％,包含429个氨基酸(20种)；序列递交至GenBank后获得的登录号为JN712306；与原型株76-118(No.M14626)核苷酸同源性为83％,氨基酸同源性为98％,存在10个非特异性的变异位点；蛋白总平均疏水性为-0.405；二级结构中含3个跨膜区、4个非跨膜区,包含55％的螺旋结构,6.1％的折叠结构和38.9％的环结构.结论 汉坦病毒S基因的测序和生物信息学的分析,揭示了核蛋白基因结构特征,为诊断性抗原的研究奠定了基础.