生物基因与蛋白质序列比对算法的图形硬件加速研究

• 作者: 冯梦蝶 张林 柴惠
• 来源期刊: 浙江中医药大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 生物分子 序列比对 动态规划算法 图形硬件
• 年，卷（期）: 2012,（4）
• 所属期刊栏目: 实验研究
• 页码范围: 411-416
• 分类号: R318.04|Q-332
• 字数: 4218字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1005-5509.2012.04.022

摘要

[目的]探索准确、高效、低成本、通用性并存的生物序列比对方法.[方法]将点阵图算法、启发式算法等各种序列比对算法中准确性最高的动态规划算法予以在计算机中实现,并通过流模型将其映射到图形硬件上以实现算法加速,通过数据库比对搜索实例进行比对时间和每秒百万次格点更新(MCUPS)性能值评测.[结果]与目前最快的启发式算法相比,该加速算法比对平均加速为18倍,最高加速可达28倍.[结论]该加速算法在保证此对准确性的同时,能较大地提高比对速度.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	冯梦蝶	浙江中医药大学生命科学学院	1	0	0.0	0.0
2	张林	浙江中医药大学生命科学学院	32	78	6.0	6.0
3	柴惠	浙江中医药大学生命科学学院	23	92	6.0	8.0