环氧酮肽蛋白酶体抑制剂的构效关系及基于分子相似性的分子设计

• 作者: 吕娟 张亚兰 梅虎 潘显超 王青 谢江安
• 来源期刊: 化学研究与应用
• 学科: 化学
• 关键词: 蛋白酶体抑制剂 环氧酮肽 SVM HQSAR 分子设计
• 年，卷（期）: 2012,（9）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1376-1388
• 分类号: O641
• 字数: 3688字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1004-1656.2012.09.012

摘要

针对56个环氧酮肽衍生物,分别采用比较分子场分析(comparative molecular field analysis,CoMFA)、比较分子相似性形状指数分析(comparative molecular similarity indices analysis,CoMSIA)、Topomer CoMFA、Hologram QSAR(HQSAR)以及基于一维和二维描述符的支持向量机(support vector machine,SVM)方法进行了细致的构效关系研究.研究显示:通过引入一维和二维描述符的SVM建模方法,避免了柔性分子在三维构效关系研究中的构象选择和叠合难题,亦可有效避免过拟合现象的发生.所建最优SVM模型的决定系数R2、均方根误差(RMS)、交互验证系数Q2和外部预测R2pred分别为0.681,0.436,0.572和0.641.分析结果显示:电性、拓扑特征、疏水性和分子体积是影响环氧酮肽蛋白酶体抑制活性的主要因素.在此基础上,以活性最高样本分子(CID:42638286的)为模板,基于相似性评价方法对其侧链进行设计,结合Lipinski“5规则”类药性筛选,共得到12个新颖目标分子,且预测活性均达到纳摩尔水平.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	梅虎		38	299	8.0	15.0
5	吕娟		4	11	2.0	3.0
6	谢江安	重庆大学生物工程学院	3	7	2.0	2.0
7	潘显超	重庆大学生物工程学院	6	12	2.0	3.0
8	张亚兰	重庆大学生物工程学院	6	12	2.0	3.0
9	王青	重庆大学生物工程学院	9	13	2.0	3.0