基于GPGPU的生物序列快速比对

• 作者: 吴百峰 韦刚 马海晨
• 来源期刊: 计算机工程
• 学科: 工学
• 关键词: 生物信息学 序列比对 通用图形处理器 Smith-Waterman算法 OpenCL框架
• 年，卷（期）: 2012,（4）
• 所属期刊栏目: 开发研究与设计技术
• 页码范围: 241-244
• 分类号: TP391
• 字数: 4356字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-3428.2012.04.079

摘要

在CPU-GPU异构平台下,提出一种高效的生物序列比对方案.该方案利用GPU的并行处理能力,通过对读延迟、写延迟、重组函数及数据传输进行优化,在OpenCL框架下重构Smith-Waterman算法,加快生物序列比对速度.实验结果证明,与CPU上传统的串行算法相比,该算法最高可获得约100倍的性能提升.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	韦刚	复旦大学计算机科学技术学院	4	30	4.0	4.0
2	马海晨	复旦大学计算机科学技术学院	1	8	1.0	1.0
3	吴百峰	复旦大学计算机科学技术学院	2	9	1.0	2.0