应用符号动力学原理实现RNA二级结构的相似性分析

• 作者: 刘晓 王世元 王嘉 田逢春
• 来源期刊: 计算机研究与发展
• 学科: 工学
• 关键词: RNA二级结构 相似性分析 图形表示 符号动力学 离散傅里叶变换
• 年，卷（期）: 2013,（2）
• 所属期刊栏目: 信息处理
• 页码范围: 445-452
• 页数: 8页
• 分类号: TP391|Q71
• 字数: 4854字
• 语种: 中文

摘要

基于符号动力学原理,提出了一种新的RNA二级结构序列的图形表示方法.通过生物信息和自由能两种信息,该图形表示方法将RNA二级结构序列中的自由基和碱基对分别映射成两类时间序列.这种映射方法不仅能够在转换过程中不丢失任何数据信息,而且在二维图形中也能够清楚地识别配对碱基所在的区域.基于该图形表示方法对二级结构的表示结果构建特征矩阵.进一步由该特征矩阵的最大特征值组成用于相似性分析的向量.采用新的相似性分析方法,分别从时域和频域对不同病毒在3’末端的RNA二级结构序列集合进行定性和定量的相似度分析.仿真结果表明,该方法能够有效地实现RNA二级结构序列的相似度分析.与其他方法相比,新方法所得结果中数值差值较大,有利于区分不同物种.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘晓	重庆大学通信工程学院	17	76	4.0	8.0
2	田逢春	重庆大学通信工程学院	87	455	12.0	15.0
3	王世元	重庆大学通信工程学院	21	122	8.0	10.0
5	王嘉	重庆大学通信工程学院	4	13	2.0	3.0