基于深度优先判定聚类的DNA序列模体发现

• 作者: 何红洲 周明天
• 来源期刊: 生物物理学报
• 学科: 工学
• 关键词: 模体发现 聚类分析 深度优先判定 保守区扫描
• 年，卷（期）: 2013,（5）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 384-394
• 页数: 11页
• 分类号: TP391.04
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1260.2013.20164

摘要

提出一种数据挖掘方法MMHC来求解DNA序列模体.首先使用基于种子的错配聚类形成候选模体类,然后使用基于相对熵及聚类复杂度的深度优先判定(depth first determination,DFD)算法识别真正的模体类,最后使用保守区扫描法(conservation region scanning,CRS)及最大后验概率保值过滤法(MAP value-preservation filtering,MVPF)优化模体类.在两类DNA序列数据集上,将MMHC与三种经典的模体发现方法MEME、AlignACE和SOMBRERO进行了对比试验.结果表明:对于大多数数据集,MMHC方法无论是在发现模体的可靠性及准确性方面,还是在反映背景种类的聚类结构方面,都明显优于三种经典的模体发现方法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周明天		315	3725	27.0	49.0
2	何红洲		4	11	1.0	3.0