系列RNA-seq数据的表达模式聚类方法研究

• 作者: 宁尚伟 宿滨 曹峰林 李霞 王乐天 赵辉
• 来源期刊: 医学分子生物学杂志
• 学科: 生物学
• 关键词: 转录组测序 曲线拟合 信息熵 聚类分析
• 年，卷（期）: 2013,（1）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 41-46
• 页数: 6页
• 分类号: Q-33
• 字数: 3979字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3870/j.issn.1672-8009.2013.01.008

摘要

目的 转录组测序技术为研究特定组织细胞生理状态和分子水平变化提供有力方法.为了建立分子水平变化和组织细胞生理功能之间的关系并排除随机因素的干扰,需要建立基于系列RNA-seq数据的表达模式分析方法.方法 本文提出了一种整合的方法(gene expression cluster method,GECluster)用于对系列样本模式聚类.整合曲线拟合以及信息熵建立模型并提取特征属性,最后按照上面模型提供的特征属性对基因进行层次聚类分析.结果 表达趋势一致的基因被很好地聚到一个类别中,功能富集分析发现这些基因具有很强的功能相关性,并与文献报道相吻合.结论 GECluster可以更灵活客观对多样本系列RNA-seq数据挖掘共表达基因,为后期功能分析提供了更有效的研究方案.