一种基于分子动力学模拟来识别GPIbα与vWF-A1结合面上重要残基的新方法

• 作者: 刘广建 吴建华 方颖 窦甜甜
• 来源期刊: 医用生物力学
• 学科: 医学
• 关键词: 分子动力学模拟 关键残基 受体 配体
• 年，卷（期）: 2013,（6）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 606-614
• 页数: 9页
• 分类号: R318.01
• 字数: 6084字
• 语种: 中文

摘要

目的 发展一种识别受体与配体相互作用中关键氨基酸残基的计算机新方法.方法 GPIbα/vWF-A1的晶体结构取自PDB数据库;利用自由分子动力学模拟,观察GPIbα/vWF-A1复合物结合面上的盐桥和氢键的形成和演化;利用分析计算得到的这些盐桥和氢键的生存率的高低,作为度量相互作用残基对之重要性的判据.结果 在GPIbα/vWF-A1的结合面上,GPIbα的21个残基和vWF-A1的21个残基显著参与了GPIbα和vWF-A1间的相互作用,这些残基中的20个已得到突变实验的证实.结论 该方法能较好地预报和识别受体-配体相互作用中的关键残基,并可为传统的氨基酸残基突变实验和抗凝血栓药物设计提供指导.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	方颖	华南理工大学生物科学与工程学院	25	53	4.0	6.0
2	吴建华	华南理工大学生物科学与工程学院	22	154	6.0	12.0
3	窦甜甜	华南理工大学生物科学与工程学院	1	3	1.0	1.0
4	刘广建	华南理工大学生物科学与工程学院	3	6	2.0	2.0