突触分化诱导基因SynDIG1的5′调控区序列的生物信息学分析

• 作者: 周代锋 周雯 王青松 蔡望伟
• 来源期刊: 海南医学院学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 突触分化诱导基因 SynDIG1 5′调控区 生物信息学
• 年，卷（期）: 2013,（1）
• 所属期刊栏目: 基础医学
• 页码范围: 5-8
• 页数: 4页
• 分类号: Q78
• 字数: 2303字
• 语种: 中文

摘要

目的:研究突触分化诱导基因SynDIG1转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析.方法:利用BLAST比对获得SynDIG1基因5′调控区序列；利用模序识别分析TATA-box、GC-box和CAAT-box；利用在线分析软件Neural Network Promoter Prediction和PROMOTER 2.0分析SynDIG1基因5′调控区序列中启动子；利用在线分析软件CpG Island Searcher分析SynDIG1基因5′调控区序列中CpG岛位置；利用在线分析软件TFSEARCH分析SynDIG1基因5′调控区序列中潜在的转录因子结合位点.结果:SynDIG1基因5′调控区序列中存在1个CAAT-box,没有GC-box和TATA-box；SynDIG1基因可能存在5个启动子位点；CpG岛为516bp区间(1686～2201 bp)；结果显示评分在85分以上(Score Threshold:85.0)时,该区域具有406个潜在的转录因子结合位点；评分在90分以上(Score Threshold:90.0)时,该区域具有168个潜在的转录因子结合位点；评分在95分以上(Score Threshold:95.0)时,该区域具有72个潜在的转录因子结合位点；评分在99分以上(Score Threshold:99.0)时,该区域具有28个潜在的转录因子结合位点.结论:通过生物信息学的方法对于SynDIG1基因转录起始位点、启动子区域和潜在的转录因子结合位点进行预测,对于科研具有十分重要的指导意义.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周代锋	海南医学院生物化学与分子生物学教研室	55	280	8.0	14.0
2	蔡望伟	海南医学院生物化学与分子生物学教研室	112	435	10.0	15.0
3	周雯	海南医学院组织胚胎学教研室	17	33	3.0	5.0
4	王青松	海南医学院生物化学与分子生物学教研室	15	29	3.0	5.0