家蚕miR-14的上调表达与靶基因的预测分析

• 作者: 于威 刘悦 吕正兵 吴祥甫 张耀洲 羊兰翠 聂作明 陆旋 陈健
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 家蚕 bmo-miR-14 表达上调 靶基因 预测
• 年，卷（期）: 2013,（6）
• 所属期刊栏目: 畜牧·资源昆虫
• 页码范围: 1263-1271
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2013.06.021

摘要

[目的]了解家蚕细胞中上调miRNA的方法及靶基因预测,为家蚕miRNA的功能研究提供方法参考.[方法]构建家蚕miR-14的真核表达载体pSK-hr3-ie1-EGFP-pri-mir-14并在家蚕BmN细胞中表达,同时通过转染化学合成的miRNA mimics上调BmN细胞中mi RR-14的水平.首先通过PCR扩增miR-14的前体及其侧翼序列(pri-mir-14)并克隆至真核表达载体pSK-hr3-ie1-EGFP的EGFP基因下游.分别将重组质粒pSK-hr3-ie1-EGFP-pri-mir-14、对照质粒pSK-hr3-ie1-EGFP、bmo-miR-14 mimics和negative control mimcs转染至家蚕BmN细胞,观察EGFP及FAM在细胞中的荧光情况,以检测其转染效率,qRT-PCR方法检测bmo-miR-14在细胞中的水平.分别采用RNAhybrid和miRanda预测bmo-miR-14的靶基因.[结果]重组表达载体pSK-hr3-ie1-EGFP-pri-mir-14与miRNA模拟物bmo-miR-14 mimics都能上调BmN细胞中的miR-14水平,与对照相比分别提高了2.1、984倍.利用生物信息学方法预测bmo-miR-14靶基因,RNAhybrid和miRanda分别预测得到15 3和171个潜在bmo-miR-14靶基因,其中两者共同预测的靶基因有49个.GO分析结果显示,预测的49个靶基因的分子功能集中于结合和催化；而生物学过程集中于细胞过程和代谢过程.[结论]通过转染重组质粒及化学合成miRNA mimics,使细胞中相应的miRNA上调,可用于bmo-miR-14后续的功能研究.