水稻纹枯病菌Rspg1基因的克隆、表达及其编码产物生物信息学分析

• 作者: 左示敏 张家豪 徐敬友 潘学彪 王友德 童蕴慧 陈夕军
• 来源期刊: 微生物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: Rspg1基因 克隆和表达 生物信息学分析 水稻纹枯病菌
• 年，卷（期）: 2014,（4）
• 所属期刊栏目: 遗传和分子生物学
• 页码范围: 391-397
• 分类号: Q933
• 语种: 中文
• DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.2014.04.005

摘要

[目的]为克隆、表达水稻纹枯病菌Rspg1基因,明确其编码产物的生物学特性,为研究该基因在病菌致病过程及与寄主互作中的作用提供理论依据.[方法]据GenBank提供的相关序列设计特异引物扩增目的基因,并对之进行原核表达和生物信息学分析.[结果]从水稻纹枯病菌基因组DNA中扩增出一1395 bp的目的片段.RT-PCR分析表明,该片段为Rspg1基因的完整开放阅读框,含有5个内含子(278-334,57 bp;545-601,57 bp;657-715,59 bp;1090-1155,66 bp;1244-1304,61 bp),编码区为1 095 bp,编码一含有364个氨基酸的蛋白.原核表达RspgJ基因,表达产物大小约为40 kDa,具明显的多聚半乳糖醛酸酶(Polygalacturonase,PG)活性,活性值为277.78 U/mg.生物信息学分析表明,RsPG1中含有所有生物PG特有的严格保计序列180 NTD、202 DD、223 GHG和255RIK,存在一18个氨基酸的信号肽分子;二级结构以α-螺旋、β-折叠和随机卷曲为其基本结构单元,6个半胱氨酸残基形成3个二硫键,跨膜结构预测以从胞内向胞外分泌为主;三级结构为10个重复的β-折叠环按右手螺旋规则排列形成的螺旋结构,形成一个开放的有活性的裂隙结构.[结论]Rspg1基因编码产物为一40 kDa蛋白,具明显的PG(Polygalacturonase,PG)活性,以胞外分泌为主,且有一个开放的有活性的裂隙结构.