柔性多肽片段–蛋白质相互作用的全局对接方法

• 作者: 万波 来瑞颖 黄强
• 来源期刊: 计算生物学
• 学科: 医学
• 关键词: 多肽–蛋白质相互作用 多肽结合位点 分子对接
• 年，卷（期）: 2014,（2）
• 页码范围: 42-52
• 页数: 11页
• 分类号: R73

摘要

多肽–蛋白质的相互作用在生物细胞中发挥着各种各样重要的作用。通常情况下,它们之间的结合信息是未知的。所以,利用计算方法预测结合位点具有重要意义。而以Rosetta为代表的常用对接软件通常具有很强的初始位置依赖性。为克服这一局限性,本研究提出了一种全局对接的方法,以受体蛋白为球状系统的中心,将多肽平均地分布在球面26个位置上;同时定义了一个区分天然结合构象和非天然结合构象的筛选参数。用上述方法预测多肽–蛋白质的结合构象,结果显示该方法能成功预测蛋白质的结合位点,且多数多肽的预测构象的Cα-RMSD在5.5 Å以下。因此,研究结果表明,所发展的方法在蛋白质多肽结合位点预测方面有很好的应用价值。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	黄强	复旦大学生命科学学院	19	39	3.0	6.0
2	万波	复旦大学生命科学学院	4	0	0.0	0.0
3	来瑞颖	复旦大学生命科学学院	1	0	0.0	0.0