基于结构的HIV-1整合酶抑制剂的虚拟筛选

• 作者: 宋胜玉 朱杰华 谷万港
• 来源期刊: 中国生物制品学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 人类免疫缺陷病毒-1 整合酶 抑制剂 虚拟筛选 PyRx
• 年，卷（期）: 2014,（1）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 78-81
• 分类号: R373.9|R965.1
• 语种: 中文

摘要

目的 虚拟筛选基于结构的HIV-1整合酶抑制剂.方法 从PDB (Protein Data Bank)下载HIV-1整合酶催化核心结构域与LEDGF/p75整合酶结合结构域(integrase binding domain,IBD)的晶体结构(PDB ID:2B4J),通过AutoDockTools对结构进行处理;从ZINC数据库下载化合物结构,用PyRx处理和转换成pdbqt格式,建立一个处理后的化合物数据库;以HIV整合酶为靶点,通过新的虚拟筛选工具PyRx运行AutoDock Vina,对ZINC数据库的化合物进行虚拟筛选;分析得到的小分子抑制剂与整合酶之间的结合情况,并用PyMol对小分子抑制剂与整合酶的结合模式进行3D建模.结果 经3轮筛选,发现5个高活性的HIV-1整合酶抑制剂ZINC9486894、ZINC47636331、ZINC57383520、ZINC68964708、ZINC73549421;5个小分子抑制剂与整合酶之间的结合主要是氢键结合力和疏水相互作用.结论 通过PyRx运行AutoDock Vina,从ZINC数据库的化合物中筛选出5个新的HIV-1整合酶抑制剂.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	朱杰华		16	28	3.0	4.0
2	谷万港		6	4	1.0	1.0
3	宋胜玉		2	3	1.0	1.0