基于结构的HIV-1蛋白酶抑制剂的虚拟筛选

• 作者: 张丽 张旋 谷万港
• 来源期刊: 昆明医科大学学报
• 学科: 生物学
• 关键词: HIV-1 蛋白酶 抑制剂 虚拟筛选 PyRx
• 年，卷（期）: 2013,（8）
• 页码范围: 19-22
• 页数: 4页
• 分类号: Q789
• 字数: 1928字
• 语种: 中文

摘要

目的通过新的虚拟筛选工具PyRx运行AutoDock Vina，对ZINC数据库的2万个化合物进行虚拟筛选，发现新的HIV蛋白酶抑制剂，并且对新的抑制剂与HIV蛋白酶的结合模型进行探索．方法以HIV蛋白酶为靶点，通过虚拟筛选程序AutoDock Vina对ZINC数据库的化合物进行虚拟筛选．与以前研究不同的是，本研究通过新的虚拟筛选工具PyRx运行AutoDock Vina．HIV蛋白酶晶体结构（PDB ID：4phv）从PDB下载，通过AutoDockTools对结构进行处理．化合物结构下载自ZINC数据库，通过PyRx导入，处理成pdbqt格式．PyRx运行AutoDock Vina以后，筛选以后的化合物构象导入AutoDockTools进行分析，数据处理用PyMOL完成．结果从大约2万个化合物库中进行高通量筛选，得到1000个类药小分子化合物的库．再从这1000个小分子化合物中筛选针对蛋白酶的抑制剂．通过对建立的化合物数据库进行3轮筛选，发现5个高活性的HIV蛋白酶抑制剂．结论5个新的抑制剂的进一步开发，将对HIV的治疗和基础研究带来帮助．也对药物虚拟筛选和基于结构的药物开发提供新的信息．

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张丽	昆明医科大学学报编辑部	33	85	5.0	8.0
2	谷万港	遵义医学院基础医学院免疫学教研室	6	4	1.0	1.0
3	张旋	药学院暨云南省天然药物药理重点实验室	2	2	1.0	1.0