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江苏大学学报(自然科学版)期刊
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一种快速比对非编码RNA序列-结构的算法
一种快速比对非编码RNA序列-结构的算法
作者:
孙洪
宋佳
许力
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
非编码RNA
序列-结构比对
共变模型
结构单元
改进的共变模型
摘要:
针对目前基于共变模型的非编码RNA序列搜索软件计算效率低的缺点,对非编码RNA家族的成员序列与家族共变模型的比对结果进行了分析.在传统共变模型中加入了RNA二级结构中结构单元的长度分布信息,设计了一种结构单元的长度限制算法,并根据各个结构单元的长度分布对家族中的序列在进化过程中出现插入和删除的次数进行了限定,从而显著降低了序列结构比对的计算时间.应用C++编写程序实现该方法并对非编码RNA进行搜索.测试结果表明,与基于传统共变模型的搜索方法相比,本方法在不影响搜索精度的同时,能够显著减少序列结构比对所需的计算时间.特别是对于包含大量核苷酸的序列,计算速度的提高更加明显,在对Lin _4家族搜索时,可获得90.76倍的加速效果.
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文献信息
篇名
一种快速比对非编码RNA序列-结构的算法
来源期刊
江苏大学学报(自然科学版)
学科
工学
关键词
非编码RNA
序列-结构比对
共变模型
结构单元
改进的共变模型
年,卷(期)
2014,(1)
所属期刊栏目
研究方向
页码范围
69-74
页数
6页
分类号
TP309
字数
4588字
语种
中文
DOI
10.3969/j.issn.1671-7775.2014.01.013
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
被引次数
H指数
G指数
1
许力
浙江大学电气工程学院
80
462
11.0
16.0
2
宋佳
浙江大学电气工程学院
10
68
3.0
8.0
4
孙洪
苏州市职业大学电子信息工程学院
6
18
2.0
4.0
传播情况
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引文网络
引文网络
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共引文献
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1992(1)
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1997(1)
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2014(0)
参考文献(0)
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引证文献(0)
二级引证文献(0)
研究主题发展历程
节点文献
非编码RNA
序列-结构比对
共变模型
结构单元
改进的共变模型
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
江苏大学学报(自然科学版)
主办单位:
江苏大学
出版周期:
双月刊
ISSN:
1671-7775
CN:
32-1668/N
开本:
大16开
出版地:
江苏省镇江市梦溪园巷30号
邮发代号:
28-83
创刊时间:
1980
语种:
chi
出版文献量(篇)
2980
总下载数(次)
2
总被引数(次)
31026
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