黄萎病菌侵染下陆地棉Dirigent-like蛋白基因表达差异分析

• 作者: 刘素恩 华金平 师恭曜 王兆晓 王凯辉 耿军义 赵存鹏 郭宝生
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 棉花 Dirigent-like蛋白基因 黄萎病菌 表达差异
• 年，卷（期）: 2014,（22）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种?种质资源?分子遗传学
• 页码范围: 4349-4359
• 页数: 11页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2014.22.001

摘要

目的发掘陆地棉Dirigent-like蛋白基因家族，明确不同黄萎病抗性品种间该基因家族成员的多态性及表达差异。方法利用Illumina Hiseq 2000测序平台，通过RNA-Seq测序技术，获得黄萎病菌侵染陆地棉抗病品种和感病品种的Dirigent-like蛋白基因家族成员Unigene序列；采用生物信息学软件对其进行核苷酸序列及编码蛋白的多重比对和系统进化分析；针对该家族成员设计特异的quantitative real-time PCR引物，在Applied Biosystems 7500 Real Time PCR System上使用SYBR green PCR试剂盒标记反应产物，棉花GhACTIN为内标，采用2-ΔΔCt法分析抗病品种冀79、感病品种TM-1中该基因家族成员在0 h及受侵染1、8、24、48、72和96 h后的表达差异。结果获得12个陆地棉Dirigent-like蛋白基因家族成员；该家族成员分属3个进化群，基因间存在4个保守结构域。其同源基因在D5基因组染色体上，主要集中于第2、3、6、7、9、10、13染色体。陆地棉受黄萎病侵染后，Dirigent-like蛋白基因抗病、感病品种间差异表达，抗病品种冀79受黄萎病菌侵染1 h时上调2倍以上的有GhDIR4、GhDIR6、GhDIR7、GhDIR9、GhDIR10和GhDIR11，其中，GhDIR9上调6.5倍；侵染8 h时GhDIR1、GhDIR4、GhDIR7和GhDIR11上调，有2个上调2倍以上；侵染24 h时仅GhDIR4上调2倍以上；侵染48 h时GhDIR1、GhDIR4、GhDIR7和GhDIR11上调达到2倍以上；侵染72 h时仅GhDIR9上调2倍以上，达到6.4倍；侵染96 h时仅GhDIR4上调2倍以上。感病品种TM-1受侵染1 h时仅GhDIR7上调2倍以上；受侵染8 h时GhDIR7上调325倍， GhDIR10上调2倍以上；侵染24和48 h时GhDIR4、GhDIR5、GhDIR6、GhDIR7、GhDIR9、GhDIR10急剧上调，GhDIR7、GhDIR9、GhDIR10上调10倍以上；受侵染72 h时GhDIR4和GhDIR7还保持较高的表达量；侵染96 h时GhDIR5、GhDIR6、GhDIR7、GhDIR9、GhDIR10和GhDIR11保持较高的表达量。由此看出，受黄萎病侵染时抗病种质冀79 Dirigent-like蛋白基因家族成员上调表达要早于感病品种，但是，该基因家族成员在感病品种受侵染8h后上调倍数远远高于抗病品种，而且到96 h时其表达量还较高；抗病品种上调的Dirigent-like蛋白家族成员GhDIR4、GhDIR7、GhDIR9和GhDIR11值得关注；GhDIR6、GhDIR7、GhDIR9和GhDIR10在感病品种TM-1中上调显著。此外，抗病、感病品种间GhDIR1、GhDIR3、GhDIR5、GhDIR8、GhDIR10和GhDIR12存在核苷酸多态性。结论 Dirigent-like蛋白与黄萎病菌侵入后棉花植株的抗性反应相关。