牡丹LINE类反转录转座子RT序列的克隆及分析

• 作者: 侯小改 宋程威 张曦 郭丽丽 郭大龙
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 牡丹 非LTR类反转录转座子 反转录酶
• 年，卷（期）: 2014,（1）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 157-164
• 分类号: S685.11
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0513-353X.2014.01.018

摘要

利用LINE简并引物从中原牡丹品种‘洛阳红’中扩增出580 bp左右的目的条带,对其回收、克隆、测序及相关生物信息学软件分析后获得32条LINE类牡丹反转录转座子RT(反转录酶)序列.这些序列长度为547 ～ 593 bp,主要表现为点突变,经Clustal W比对其同源性为25.7％ ～ 94.2％.将其核苷酸序列经聚类后可分为4个家族,其中家族Ⅰ和Ⅲ分别占总序列数的50％和28％.将32条RT序列翻译成氨基酸序列,在第18氨基酸序列处有1个非常保守的的甘氨酸(Gly),在138氨基酸序列处有1个半保守的赖氨酸(Lys)位点.32条序列均发生较多的终止密码子突变和移码突变.与其他物种的系统进化树分析,表明牡丹LINE类反转录转座子RT序列既有一定的保守性,同时也与其他物种间存在一定的同源性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	侯小改	河南科技大学农学院	99	893	17.0	26.0
3	郭大龙	河南科技大学林学院	50	461	12.0	19.0
5	宋程威	河南科技大学农学院	8	45	4.0	6.0
6	郭丽丽	河南科技大学农学院	29	163	9.0	11.0
12	张曦	河南科技大学农学院	4	41	4.0	4.0