糜子Ty1-copia型反转录转座子基因的序列特征及表达分析

• 作者: 乔治军 何杰丽 杨美红 王海岗 王瑞云 薛延桃 陈凌 陈国荣
• 来源期刊: 山西农业大学学报(自然科学版)
• 关键词: 糜子 Ty1-copia 序列特征 基因表达
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种与栽培
• 页码范围: 22-28
• 页数: 7页
• 分类号: S516
• 语种: 中文
• DOI: 10.13842/j.cnki.issn1671-8151.201709004

摘要

[目的]发掘抗旱相关基因,明晰其编码蛋白的理化特征,为糜子育种提供基因元件.[方法]利用生物信息学软件 、数据库和在线程序,对糜子Ty1-copia型反转录转座子编码蛋白进行生物信息学分析,同时对该基因进行qRT-PCR表达特性分析.[结果]Ty1-copia基因编码蛋白分子式为C483 H758 N122 O135 S7,分子量为10658.49Da,呈弱碱性,是不稳定的疏水蛋白;该蛋白为非分泌型蛋白 、无跨膜结构,既不存在于叶绿体上也不存在于线粒体上;二级结构包括4个 α螺旋,4个 β折叠;三级结构包括1个螺旋结构和2个折叠结构;含4个保守结构域;系统进化树和多重序列比对结果显示糜子保守性较低,与水稻类和毛竹的同源性为64％.实时定量PCR检测结果表明,Ty1-copia表达水平在干旱胁迫处理不同时间点存在显著差异,3 h时表达量最高,为对照的2.02倍;8 h时该基因呈下调表达,表达量低于对照.[结论]Ty1-copia基因可以由干旱胁迫诱导.