燕麦EST数据库中Ty1-copia和Ty3-gypsy型反转录转座子的频数分析

• 作者: 侯莎莎 张莉 杨武德 贾举庆 郭红媛 靳艳婷
• 来源期刊: 中国农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 燕麦属 反转录转座子 EST数据库 转座子特异性表达
• 年，卷（期）: 2014,（4）
• 页码范围: 23-30
• 分类号: S512.6|Q81
• 语种: 中文
• DOI: 10.11841/j.issn.1007-4333.2014.04.04

摘要

为研究转座元件(Transposable elements,TEs)在燕麦中的表达模式,以14个Ty1-copia型反转录转座子和3个Ty3-gypsy型反转录转座子序列为种子序列对燕麦属(Avena)表达序列标签(EST)数据库中的Ty1-copia和Ty3-gypsy型反转录转座子进行检索和分析.结果表明:燕麦根中反转录转座子的频率显著高于叶(P＜0.05);强降雨模式的胁迫环境下叶组织中反转录转座子的EST频率显著高于大气降雨下的(P＜0.05),约为正常条件下的(E＜e-10,0.12％)2倍;Ty1-copia和Ty3-gypsy型反转录转座子在根的分蘖期频率差异极显著(P＜0.01).这些结果揭示了燕麦属Ty1-copia和Ty3-gypsy型反转录转座子的转录存在组织和发育的时空特异性及环境应答现象,为预测重复元件的表达模式提供了依据.同时,检索到的反转录转座子也有助于对燕麦基因组序列的注释.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张莉	山西农业大学农学院	24	72	6.0	7.0
2	郭红媛	山西农业大学农学院	12	44	4.0	6.0
3	贾举庆	山西农业大学农学院	10	28	3.0	5.0
4	靳艳婷	山西农业大学农学院	3	16	2.0	3.0
5	侯莎莎	山西农业大学农学院	1	2	1.0	1.0