芸薹属AC基因组中VIT基因家族的鉴定与进化

• 作者: 于景印 刘胜毅 刘越英 周荣芳 程晓晖 童超波 董彩华 袁午舟 黄军艳
• 来源期刊: 中国油料作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 白菜 甘蓝 甘蓝型油菜 全基因组 液泡铁离子转运蛋白 进化分析
• 年，卷（期）: 2014,（5）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 551-561
• 页数: 11页
• 分类号: S565.403
• 字数: 5089字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7505/j.issn.1007-9084.2014.05.001

摘要

为了解液泡铁离子转运蛋白(vacuolar iron transporter,VIT)编码基因在芸薹属作物中的进化关系,在已完成的拟南芥、白菜、甘蓝以及甘蓝型油菜全基因组测序基础上,利用HMMER软件根据VIT保守的结构域对拟南芥、白菜、甘蓝和甘蓝型油菜全基因组的蛋白质序列进行同源检索,在四个物种中分别鉴定得到了9个、13个、12个和14个VIT候选基因;并且系统发育分析显示,VIT基因家族在四个物种可分为3类.VIT基因的启动子区域富含LTRE、ABRE、MYC、MYB和W-box等逆境应答相关顺式作用元件.蛋白质特性分析结果表明VIT结构域中具有多个保守的疏水氨基酸位点.表达谱分析显示所有VIT基因在所选取的组织中都有不同程度的表达.同时,线性对应的同源基因表达模式既有相似之处,又存在分化,而串联重复基因簇表达模式基本一致.