基于中华猕猴桃“红阳”转录组序列开发EST-SSR分子标记

• 作者: 余进德 刘嘉 刘方方 刘永胜 唐维 孟蒙 张霞 林琳 黄胜雄
• 来源期刊: 应用与环境生物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 中华猕猴桃 遗传分析 转录组 重复单元 SSR 种质资源
• 年，卷（期）: 2014,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 564-570
• 页数: 7页
• 分类号: S663.403
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1145.2013.12034

摘要

为开发猕猴桃EST-SSR标记,了解28个品种猕猴桃间的遗传多样性和遗传关系,对中华猕猴桃“红阳”的转录组序列进行分析,并根据分析结果设计SSR引物.之后采用CTAB法提取28个品种猕猴桃的DNA作为SSR-PCR的扩增模板,并根据扩增结果进行聚类分析.研究中共得到包含SSR的序列21 848条,其中重复单元为单碱基、双碱基、三碱基、四碱基、五碱基和六碱基的序列分别为1 642、15 965、3 141、248、368和484条,随机选择其中46条序列设计SSR引物.根据初步的PCR扩增,筛选出32对条带较少且明亮的引物分别对28个品种猕猴桃的DNA样本进行扩增,并对引物对应的SSR序列进行定位.结果显示,32对引物对应的序列中有19条能够得到完整的所在基因、染色体以及染色体中具体位置的信息.这些引物中有26对具有多态性,共统计到等位基因120个,每对引物得到1-11个等位基因,平均3.75个.28个猕猴桃品种之间的遗传相似性系数在0.53-0.97之间,在遗传相似系数为0.72的水平上,可将它们分为5大类,分类结果与传统形态学的划分基本一致.本研究揭示的各样本间的遗传关系可为未来猕猴桃的种质改良提供依据.