树鼩全基因组分泌蛋白的预测分析

• 作者: 罕园园 马开利
• 来源期刊: 中国比较医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 树鼩 基因组 分泌蛋白 信号肽 基序
• 年，卷（期）: 2014,（4）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 33-37
• 页数: 5页
• 分类号: R33
• 字数: 3585字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1671.7856.2014.004.008

摘要

目的：综合了解树鼩的分泌蛋白的信息。方法利用真核生物分泌蛋白预测流程 EuSecPred 2.0对树鼩的分泌蛋白进行全基因组预测，并对获得的分泌蛋白及所携带的信号肽进行系统分析。结果树鼩全基因组蛋白基因中鉴定获得279个分泌蛋白，占基因组全部编码基因的7.2％。对其功能和结构域进行注释分析，发现了以水解酶类、行使蛋白结合与离子结合功能蛋白质及初级代谢过程相关蛋白为主的分泌蛋白。氨基酸组成分析表明，树鼩分泌蛋白及其信号肽主要由疏水性氨基酸组成，信号肽剪切位点有部分亲水性氨基酸的存在。基序分析发现，分泌蛋白信号肽中未存在保守基序，而分泌蛋白内部存在GxHxCGG[FSV]L[IV][RAS][EP]D[WF] VLTAAHC、[KG]PPGV[YF]T[RK][VI][SC]x[YF][VL][DS]WIQx[TV][MI][RK]、[DT][SA][CF][QK] GDSGGPLVCNGV[LA]QG[IL]V、GY[HL][FL]CGG[SAT]L[ILV]S[EDP][CR]WV[LV][TS]AAHCF、N[IV][FI]FSP[LV]S[IV][SA][TA]ALAMLSLG[AT]xNDTLTQ[IL]L[EQ][GV]LGF[ND]LT[ES]T[SP]E 5种基序。结论在全基因组范围对树鼩分泌蛋白进行预测分析，有助于进一步研究树鼩机体功能调控机制及动物模型的开发。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	马开利	中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所药物安全性评价研究中心	9	17	2.0	4.0
2	罕园园	中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所药物安全性评价研究中心	7	46	4.0	6.0