全基因组预测幽门螺杆菌的分泌蛋白

• 作者: 佘菲菲 陈建森
• 来源期刊: 中国人兽共患病学报
• 学科: 医学
• 关键词: 幽门螺杆菌 分泌蛋白 信号肤 生物信息学
• 年，卷（期）: 2008,（7）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 607-611
• 页数: 5页
• 分类号: R378
• 字数: 3481字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-2694.2008.07.004

摘要

目的 运用生物信息学方法预测幽门螺杆菌分泌蛋白,为后续研究奠定基础.方法 用Signalp和TMHMM两个软件对幽门螺杆菌全基因组开放读码框(ORFs)进行预测,Microsoft Access数据库分析处理以识别分泌蛋白,再与HpNCTC 26695二维凝胶电泳质谱鉴定蛋白质组数据库(2DE-MS)和免疫蛋白质组研究结果进行比对验证.结果 从Hp的1587个编码蛋白的ORFs中预测出191种分泌蛋白,其中27个预测蛋白与二维凝胶电泳质谱鉴定(2DE-MS)的Hp蛋白数据库中的蛋白一致;13个预测蛋白出现在高抗原性的免疫蛋白质组中.结论 生物信息学方法可作为研究分泌蛋白的辅助工具,并可为研制Hp诊断试剂和疫苗提供候选抗原.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈建森	福建医科大学基础医学院病原生物学系	20	51	4.0	5.0
7	佘菲菲	福建医科大学基础医学院病原生物学系	45	268	10.0	14.0