利用高密度SNP对猪血糖和糖基化血清蛋白性状的全基因组关联分析

• 作者: 刘晨龙 曾治君 杨慧 杨斌 杨竹青 陈从英
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 猪 血糖 糖基化血清蛋白 全基因组关联分析
• 年，卷（期）: 2014,（18）
• 所属期刊栏目: 畜牧?兽医?资源昆虫
• 页码范围: 3700-3707
• 页数: 8页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2014.18.018

摘要

【目的】测定苏太猪和白色杜洛克×二花脸 F2资源家系240 d 血糖（glucose，GLU）和糖基化血清蛋白（glycosylated serum proteins，GSP）浓度，采用全基因组关联分析定位影响GLU和GSP的染色体位点，为最终鉴别影响该性状的因果基因奠定基础，同时为人类低血糖症和糖尿病的遗传学研究提供参考。【方法】分别将435头苏太猪和760头白色杜洛克×二花脸F2资源家系F2个体在相同条件下饲养至240日龄进行统一屠宰，收集血液后分离血清，利用全自动生化分析仪测定GLU和GSP浓度。采集猪只耳组织提取DNA并测定DNA浓度。将质检合格的DNA样品利用Illumina porcine 60K SNP芯片判定基因型。运用PLINK软件对SNP判型结果进行质控，将合格的SNP标记用于后续的关联性分析，利用广义混合线性模型及R语言GenABEL软件包进行全基因组关联分析，定位影响苏太猪和白色杜洛克×二花脸F2资源家系240 d血清GLU和GSP含量的染色体位点。根据全基因组关联分析结果从Ensembl或NCBI网站上分析可能的位置候选基因。【结果】全基因组关联分析共检测到5个与血清GLU和GSP达染色体显著水平相关的SNP位点。其中白色杜洛克×二花脸F2资源群体在10号染色体（SSC10）24.67Mb处定位到与血清GSP含量显著相关的SNP（ALGA0057739，P=1.58×10-5），解释表型变异为3.72%。苏太猪群体共检测到2个与血清GSP显著相关的SNP（ALGA0108699和DRGA0017552，P=1.45×10-5），解释表型变异均为3.72%。使用猪参考基因组序列（10.2版本），无法定位到具体的染色体位置。通过人、猪比较基因组分析，这两个SNP都位于SSC8，距STPG2基因3’端约180.0-193.0 kb。将两个群体进行Meta分析，未发现新的与GSP显著相关的SNP；在1号染色体250.32Mb处（DRGA0002016，P=2.48×10-5）和14号染色体43.97Mb处（ASGA0062984， P=1.29×10-5），定位到与血清GLU显著相关的SNP。通过搜寻显著相关SNP所在染色体区域内的注释基因，发现ASPM、TRPM3和KCTD10等基因是影响血清GSP和GLU的重要候选基因。【结论】检测到5个显著影响猪血清GLU和GSP的SNP位点。这些SNP位点所处染色体区域内的ASPM、TRPM3、STPG2和KCTD10基因是影响血清GSP和GLU的重要候选基因。